Двадцатый век канул в Лету, уступив место эпохе космических колоний и тотальной зависимости человечества от гигантских боевых машин — мобильных воинов. Человечество расколото на две непримиримые фракции: Земную Федерацию, погрязшую в бюрократии и коррупции, и Княжество Зион, колонию, объявившую войну за независимость. В этом аду из титана и плазмы существует легенда о «Белой Дьяволице» — прототипе мобильного воина RX-78-2 «Гандам», пилотируемом юношей по имени Амуро Рэй. Но «Эволюция» — не пересказ каноничных событий. Это взгляд на войну сквозь призму тех, кто остался за кадром оригинального сериала: механиков, чинящих раздробленные конечности роботов под обстрелом, гражданских, чьи дома превратились в воронки, и солдат, чьи психики ломаются от столкновения с Ньютайпами — людьми с экстрасенсорными способностями, рожденными в невесомости.
Сюжет разворачивается как мозаика из нескольких параллельных линий, связанных одним полем боя — разрушенным космическим городом Сайд 7. Молодой пилот Зиона, чей мобильный воин был сбит, вынужден объединиться с техником Федерации, чтобы выжить в радиоактивных руинах. Параллельно группа ученых пытается расшифровать загадочные сигналы, исходящие от системы управления Гандамом, которые, как выясняется, не просто программный код, а крик о помощи от самой колонии, обладающей коллективным сознанием. Война перестает быть борьбой за ресурсы и превращается в битву за право называться человеком. Когда на горизонте появляется прототип нового оружия Зиона — мобильный доспех, способный поглощать души пилотов, — героям предстоит понять, что истинная эволюция заключается не в технологиях, а в способности простить врага, даже когда твой собственный мобильный воин вот-вот раздавит его кабину.