Конан Эдогава, Ран Мори и сам Когоро Мори получают приглашение от загадочного миллионера на уединенный остров. Там, в роскошном особняке, собираются шестнадцать гостей, включая известного детектива. Хозяин объявляет, что среди присутствующих скрывается преступник, причастный к давнему нераскрытому делу, и намерен лично устроить суд. Однако праздничный ужин прерывается внезапным отключением света, а когда лампы загораются вновь, миллионер найден мертвым в своем кабинете. Следов взлома нет, а значит, убийца — кто-то из пятнадцати оставшихся подозреваемых. Когоро, как обычно, пытается взять инициативу, но быстро запутывается в противоречивых алиби и ложных уликах. Конан, используя «усыпляющую иглу», берет расследование в свои руки, понимая, что каждое движение и каждое слово гостей может стать ключом к разгадке.
Запертые на острове из-за шторма, подозреваемые начинают нервничать, и их истинные лица постепенно выходят наружу. Конан выстраивает хронологию событий, сопоставляя показания шестнадцати человек, но каждый раз натыкается на непреодолимые препятствия. Один из гостей утверждает, что видел тень в коридоре, другой — слышал странный звук из библиотеки. Внезапно выясняется, что у каждого из присутствующих был мотив желать смерти хозяину: кто-то потерял состояние из-за его махинаций, кто-то — близкого человека. Конан замечает, что показания двух свидетелей идеально совпадают, но это совпадение слишком идеально. Он понимает, что убийца действовал не в одиночку, а с сообщником, который обеспечил алиби. В финальной сцене, когда напряжение достигает пика, Конан раскрывает правду: преступление было тщательно спланировано, а мотивом послужила месть за разрушенную семью. Разоблачение заставляет одного из подозреваемых признаться, и остров, наконец, покидает тень прошлого, оставляя героев в размышлениях о цене справедливости.