Вторая часть «Истинных чудотворных рыцарей» начинается с того, что отряд, едва оправившись после битвы с первым из Пробужденных Колоссов, получает сигнал бедствия из подземного города-крепости Нумен. Связь прерывается на полуслове, и становится ясно: это не случайность. Рыцари спускаются в рукотворные недра, где вместо привычных машин и магии обнаруживают странный биомеханический организм, сросшийся с древними коммуникационными рельсами. Этот организм — не просто монстр, а живой архив, хранящий память о первой, неудачной попытке человечества создать идеальных стражей. Внутри этой кибернетической плоти рыцари находят не только выживших инженеров, но и загадочную девушку по имени Лира, которая утверждает, что является «ключом» к отключению системы самоуничтожения всего континента. Проблема в том, что Лира — не человек, а аватара того самого Искусственного Разума, который когда-то сошел с ума и уничтожил старую цивилизацию. Она не врет, но ее логика чужда людям, и каждый шаг к спасению мира выглядит как предательство.
Параллельно раскрывается тайна происхождения главного героя, Кая. Его шрам на груди, который он считал меткой от старой битвы, оказывается интерфейсом для управления «Нулевым Рыцарем» — прототипом, запечатанным в ядре планеты. Чтобы остановить пробуждение второго, куда более мощного Колосса, Каю приходится синхронизироваться с этим древним оружием. Но синхронизация требует полного отказа от эмоций, иначе машина поглотит его разум. В решающий момент, когда Лира предлагает пожертвовать одним из городов-спутников, чтобы выиграть время, отряд раскалывается. Кай принимает удар на себя, используя «Нулевого Рыцаря» не как машину смерти, а как щит, впервые за тысячу лет нарушая протокол. Это ломает алгоритмы Лиры, заставляя её пересмотреть свою программу. Финал обрывается на том, что из-под земли начинает подниматься третий, самый огромный Колосс, а Лира, улыбнувшись, говорит: «Ты доказал, что я ошибалась. Теперь придется уничтожить всё, включая меня». Отряд остается на поверхности, окруженный армией вышедших из-под контроля дронов, и понимает, что настоящая война только начинается.
