В третьем сезоне «Принцессы-шпионки» ставки взлетают до небес. После раскрытия тайны «Укротителя короны» и временного перемирия между королевствами, принцесса Лилиан оказывается втянутой в новую, более опасную игру. Её уникальная способность — влиять на магические артефакты короны — привлекает внимание не только вражеских разведок, но и древнего ордена, который веками скрывался в тени. Этот орден, «Хранители Равновесия», считает, что сама природа магии нарушена, и Лилиан — ключ к её полному уничтожению или перерождению. Теперь девушке приходится балансировать между обязанностями наследницы престола, работой на королевскую разведку и давлением тайного общества, которое предлагает ей истину, способную перевернуть историю мира. Её напарник, циничный агент Кей, с трудом принимает новую реальность, где старые враги становятся временными союзниками, а союзники — подозреваемыми.
Параллельно с этим в столице начинают происходить странные убийства: жертвы — бывшие члены королевского совета, а на местах преступлений находят символы, указывающие на древний культ. Лилиан понимает, что кто-то методично уничтожает свидетелей прошлого переворота, в котором погиб её отец. Расследование заводит её в запретные архивы и подземелья старого дворца, где она находит дневник матери, который проливает свет на истинную природу «Укротителя короны». Оказывается, что корона не просто даёт власть, а является тюрьмой для древнего духа хаоса, и Лилиан, сама того не желая, начала процесс его освобождения. В финале сезона, когда кажется, что заговор раскрыт, происходит неожиданное: один из ближайших друзей принцессы предаёт её, похищая корону, чтобы завершить ритуал. Лилиан остаётся одна, без магии и поддержки, лицом к лицу с пробуждающейся древней силой, которая обещает поглотить всё королевство.
