Действие разворачивается на Земле, за несколько лет до событий первого «Макросса». Человечество расколото: огромная часть населения устремилась в космос на гигантских колониях, а те, кто остался, ведут изнурительную войну с антиправительственными силами на отдаленных островах Тихого океана. В центре противостояния — таинственный артефакт, обнаруженный на острове Мая. Древняя инопланетная технология, способная управлять погодой и искажать реальность, становится яблоком раздора между флотом Объединённых Наций и повстанцами. Пилот-истребитель Шин Куда, приписанный к авианосцу «Асука II», получает задание разобраться с ситуацией. Во время одного из вылетов его сбивают, и он оказывается на острове, где встречает девушку по имени Мао Ном, последнюю хранительницу древних знаний.
Мао и её народ веками поклонялись прото-культуре, оставившей после себя гигантский корабль, встроенный в скалы. Шин вынужден защищать островитян от обеих враждующих сторон, каждая из которых жаждет заполучить абсолютное оружие. Постепенно он понимает, что артефакт — не просто машина, а живой организм, реагирующий на эмоции и песни. В небе над архипелагом сходятся новейшие истребители с трансформируемыми крыльями, и воздушные бои становятся всё более ожесточёнными. Кульминация наступает, когда пробуждённый корабль начинает уничтожать всё вокруг, и только голос Мао, сплетающийся с рёвом двигателей, способен остановить катастрофу. Шин оказывается перед выбором: выполнить приказ и уничтожить источник силы или позволить древнему злу вырваться наружу, пожертвовав всем, что он знал.