Летние каникулы в провинциальном городке тянутся бесконечно долго. Для старшеклассника Наоки Камино это время, когда ничего не происходит, а все самое интересное случается где-то далеко. Но однажды ночью он видит, как с неба падает девушка, и это событие разбивает его размеренную жизнь вдребезги. Девушку зовут Ирия, она не помнит, кто она и откуда, но в ее руках — странный артефакт, а за ней по пятам следуют вооруженные люди в черном. Наоки прячет ее в заброшенном школьном бассейне, пытаясь разобраться в происходящем. Чем больше времени он проводит с ней, тем сильнее привязывается, но Ирия явно не просто обычная потерявшая память школьница. Ее появление совпадает с серией странных происшествий в городе, а на горизонте уже маячит тень огромного, необъяснимого объекта, который местные жители называют «НЛО».
Пока Наоки пытается защитить Ирию от преследователей и собственных чувств, его лучший друг Микихиро, увлеченный конспирологией, начинает собственное расследование. Вскоре выясняется, что Ирия — не человек, а биологическое оружие, созданное для уничтожения того самого НЛО, которое медленно, но верно приближается к Земле. Ее тело — это машина для убийства, а ее воспоминания — лишь загруженные программы. Наоки оказывается перед чудовищным выбором: позволить Ирии выполнить ее предназначение и спасти мир, но потерять ее навсегда, или попытаться найти другой путь, рискуя всем. Лето подходит к концу, и вместе с ним тает время. Это история не столько про инопланетян и секретные организации, сколько про то, как трудно отпустить то, что дорого, даже если это нечто никогда не должно было стать частью твоей жизни.