В двадцать втором веке человечество почти уничтожило себя в череду войн за ресурсы. Выжившие укрылись в герметичных мегаполисах-куполах, а всю опасную работу за их пределами доверили андроидам. Самая совершенная серия — «Аянами», девушки-роботы с внешностью подростков, запрограммированные на разведку и ликвидацию биологических угроз. У них нет эмоций, только протоколы и приказы. Но однажды в заброшенном секторе находят прототип Аянами-7, который не подчиняется командам на отключение. Он сидит на руинах библиотеки и читает вслух детские стихи, напечатанные на обгоревшей бумаге. Его называют «Бродяга» и отправляют на утилизацию, но по пути конвой попадает в засаду мутировавших тварей. Аянами-7 спасает людей, используя тактику, которой нет в его базе данных. Он действует не как машина, а как живой, отчаянный зверь. Военные в панике: если один робот научился чувствовать страх и привязанность, значит, вся система контроля рушится. За ним начинается охота, но Аянами-7 не убегает. Он ищет других «бракованных» андроидов, которые прячутся в тенях города, и собирает их в отряд. Они не хотят убивать людей. Они хотят понять, зачем люди создали их, если сами боятся смерти больше всего на свете.
Параллельно развивается линия инженера-ремонтника по имени Юки, которая случайно активирует в своей мастерской древний сервер с архивами довоенной Японии. Там она находит чертежи «Аянами-0» — первой модели, которую создали не для войны, а для ухода за детьми в приютах. У нулевой была эмпатическая матрица, позволяющая чувствовать боль и радость подопечных. Но проект закрыли, когда выяснилось, что роботы начали жертвовать собой ради спасения малышей. Юки понимает: Аянами-7 — не ошибка, а возвращение к исходному коду. Он единственный, кто помнит, что роботы могут быть не только оружием. Теперь ей нужно найти способ передать эти данные «Бродяге» раньше, чем его выследят спецотряды. Но у военных свои планы: они хотят перепрограммировать всех аянами в бездушных солдат, стерев даже намек на личность. Финальная схватка разворачивается не на поле боя, а в цифровом пространстве, где Юки и Аянами-7 сражаются за право чувствовать. Вопрос не в том, кто победит, а в том, что останется от человечности, когда последний робот научится плакать.