Прошло несколько лет после окончания революции Мэйдзи. Химура Кэнсин, бывший легендарный убийца Хитокири Баттосай, давно оставил кровавое прошлое и ведет мирную жизнь в Токио вместе с Каору, Яхико и Саносукэ. Но спокойствие рушится, когда до него доходят вести о возвращении старого врага — Сисио Макото. Тот, кого считали мертвым, вновь собирает армию, намереваясь уничтожить новое правительство и погрузить Японию в хаос. Кэнсин понимает, что не может оставаться в стороне: если Сисио добьется своего, все, ради чего сражались и умирали его друзья, окажется напрасным. Он отправляется в Киото, чтобы в одиночку противостоять угрозе, но вскоре выясняет, что на этот раз ставки выше, чем когда-либо. Сисио не просто жаждет власти — он хочет стереть саму память о новой эпохе, используя древние артефакты и преданных фанатиков. Кэнсину предстоит столкнуться не только с армией противника, но и с собственными демонами: каждый удар мечом напоминает ему о том, кем он был раньше, и о клятве больше никогда не убивать.
В Киото Кэнсин встречает старых союзников и новых врагов. Среди них — загадочный мастер меча Синносукэ, чьи мотивы остаются неясными, и женщина-воин Мисао, которая помогает ему, но преследует свои цели. Сисио тем временем собирает вокруг себя элитных бойцов, каждый из которых готов умереть за его идею. Кульминацией становится противостояние на горящем мосту, где Кэнсин вынужден сделать невозможный выбор: нарушить свою клятву и убить, чтобы спасти тысячи жизней, или позволить злу восторжествовать. В финальной битве он понимает, что путь меча, несущего жизнь, не всегда означает отказ от силы — иногда нужно принять тьму в себе, чтобы защитить свет. Арка завершается тем, что Кэнсин, израненный, но живой, возвращается в Токио, осознав: прошлое никогда не отпускает его полностью, но теперь он знает, как с этим жить. Эта история не просто о схватке добра и зла — она о цене, которую платит человек, пытаясь искупить свои грехи, и о том, что даже самый страшный грех можно превратить в силу, если не забывать, ради чего ты сражаешься.