Дело ведёт юный детектив Киндаити

Старшеклассник Кудо Синъити, гениальный сын известного писателя детективов, во время поездки в парк развлечений становится свидетелем загадочного убийства. Расследуя его, он сталкивается с членами преступного синдиката, которые насильно дают ему испытать неизвестный яд. Вместо смерти яд вызывает редкий побочный эффект — тело Синъити деградирует до состояния семилетнего ребенка. Сохранив свой острый ум и дедуктивные способности, он скрывает свою истинную личность и принимает имя Эдогава Конан, поселяясь в доме своего друга детства Мори Ран и ее отца-детектива.

Под видом маленького и непоседливого мальчика Конан начинает тайно расследовать самые запутанные преступления, с которыми сталкивается агенство Мори. Используя свой интеллект, хитрость и гаджеты от друга-изобретателя, он направляет рассуждения недалекого детектива Мори Когоро в нужное русло, усыпляя подозрения с помощью транквилизаторных часов и галстука-громкоговорителя. Его главная цель — выйти на след зловещего синдиката в черном, найти противоядие и снова стать собой, но каждое новое дело приближает его к опасной правде, угрожающей ему и его близким.