В мире, где кланы ниндзя веками вели скрытую войну за господство, а древние артефакты пробуждали невообразимую силу, жил Рюкэн — последний наследник уничтоженного рода. Его деревню сожгли дотла, когда он был ребенком, и единственное, что осталось от прошлого — это шрам на плече и обрывок свитка с техникой Теневого Когтя. Сейчас он перебивается случайными заказами в портовом городе Киото, где смешались магия и паровая техника, а за каждым углом прячутся шпионы из Восьми Великих Домов. Однажды, спасая девочку-сироту от банды ронинов, Рюкэн срывает с её шеи подвеску — и та вспыхивает алым, активируя печать на его собственной груди. Оказывается, девочка — хранительница Ключа Врат, а сам Рюкэн — сосуд для духа Древнего Змея, запечатанного его предками триста лет назад.
Теперь за ними охотятся все: клан Теней хочет использовать Ключ, чтобы открыть Врата и выпустить Змея на волю, Имперская стража считает их террористами, а таинственный Кукловод в маске лисы манипулирует обеими сторонами, подставляя Рюкэна под удар. Пытаясь защитить девочку и разобраться в проклятии своего рода, Рюкэн вынужден объединиться с бывшим врагом — хладнокровной куноичи из клана Ворон, которая ищет способ снять проклятие со своего брата. Вместе они пробиваются через подземные арены, где сражаются мутировавшие звери, и храмы, где каждая статуя может ожить. Но главная битва ждет их в Небесной Цитадели — летающем городе, где Кукловод готовит ритуал, способный стереть грань между мирами. Рюкэну предстоит решить: сжечь Ключ и навсегда запереть силу Змея, пожертвовав собственной жизнью, или принять свою сущность монстра, чтобы спасти единственного человека, который в него поверил.
