Весенним вечером старшеклассница Юки находит на обочине дороги коробку с крошечными, едва живыми светлячками. Она приносит их домой, пытаясь выходить, но насекомые угасают один за другим. Последний, самый слабый, неожиданно превращается в миниатюрную девушку с прозрачными крыльями. Хотару — так Юки называет её — не помнит, кто она и откуда, но интуитивно тянется к людям. Вместе они пытаются разгадать тайну её происхождения: Хотару реагирует на ложь, слабеет в темноте и излучает мягкое свечение, когда счастлива. Постепенно выясняется, что она — не просто насекомое, а сгусток забытых желаний, рожденный из детских слёз и несбывшихся надежд. Её существование напрямую связано с заброшенным храмом на окраине города, где когда-то девочка по имени Миюки загадала желание, которое так и не сбылось.
Параллельно Юки сталкивается с собственными проблемами: её мать после развода впала в депрессию, а лучшая подруга отдалилась, увлекшись популярной онлайн-игрой. Хотару, чувствуя чужую боль, пытается помочь, но каждое её вмешательство имеет цену — её тело становится всё более прозрачным. Когда Юки узнаёт, что Хотару может исчезнуть навсегда, если не вернуть её к источнику — тому самому храму, — она решается на отчаянный шаг. В финале выясняется, что храм собираются снести, а вместе с ним исчезнет и последняя связь Хотару с миром. Юки организует акцию протеста среди школьников, но сталкивается с равнодушием взрослых. В решающий момент, когда экскаватор уже заносит ковш над святилищем, Хотару превращается в рой ослепительных светлячков, которые на мгновение заставляют всех замереть. Это зрелище пробуждает в людях давно забытые чувства: мать Юки впервые за год улыбается, подруга бросает телефон и обнимает её, а строители отступают. Хотару исчезает, оставляя после себя лишь тёплый свет в глазах тех, кто успел её увидеть. Юки понимает: чудеса случаются не тогда, когда их ждёшь, а когда готов ради них бороться.
