В мире, где кланы ниндзя давно превратились в легенды, а их боевые искусства заменили технологии, живет обычный старшеклассник Кендзи. Он не верит в сказки деда о великих воинах тени, пока однажды не находит в подвале старый свиток с печатью крови. Прикоснувшись к нему, парень теряет сознание, а очнувшись, обнаруживает, что в его теле пробудился дух легендарного ниндзя эпохи Сэнгоку — Хаято. Этот призрачный воин, запертый в свитке столетия назад, не просто говорит с Кендзи — он может перехватывать контроль над его телом в моменты опасности. Хаято жаждет завершить свою мисцию: уничтожить клан Курояма, который предал его и запечатал душу. Проблема в том, что Курояма никуда не исчезли — они просто ушли в тень, став влиятельной корпорацией, контролирующей город через подставные фирмы и наемных убийц. Теперь Кендзи вынужден совмещать школьную жизнь с ночными рейдами, где Хаято учит его древним техникам, а сам подросток пытается не дать духу ниндзя сжечь его жизненную энергию в погоне за местью.
Ситуация осложняется, когда в школе появляется новая ученица — Аой, тихая и замкнутая девушка, которая, как выясняется, тоже носительница духа. Только её предок был из клана Курояма, и её призрак, леди Рейко, жаждет крови Хаято. Вместо того чтобы убить друг друга, подростки заключают хрупкое перемирие: они должны выяснить, что на самом деле произошло между кланами четыре века назад. Правда оказывается куда грязнее, чем простая вражда — их предки были пешками в игре древнего культа, который до сих пор существует, питаясь энергией запечатанных душ. Кендзи и Аой приходится научиться доверять друг другу, балансируя между желаниями своих демонов-наставников и собственной волей. Каждая битва с агентами корпорации Курояма истощает их, но и сближает. В финале выясняется, что единственный способ освободить духов — не уничтожить врага, а разорвать цикл ненависти, который культ поддерживает веками. Но готовы ли сами Хаято и Рейко отказаться от мести, или они предпочтут сжечь своих носителей дотла?