Исчезновение Юки Нагато

После событий, показанных в финале «Исчезновения Харухи Судзумии», мир изменился. Юки Нагато, бывшая безэмоциональная интерфейс инопланетной организации, теперь стала обычной застенчивой и робкой девушкой. Она состоит в литературном кружке вместе с Кёном, Рёко Асакурой и своей лучшей подругой Цуруей, но Харухи Судзумии здесь не существует, а Кён — просто обычный, хотя и добрый, одноклассник.

Сюжет вращается вокруг повседневной жизни Юки в этой альтернативной реальности. Она понемногу учится понимать свои чувства, заводит друзей и постепенно сближается с Кёном. Вместо глобальных спасений вселенной и паранормальных явлений история фокусируется на простых, но важных для героев моментах: подготовке к школьному фестивалю, совместном чтении книг в кружке и неловких попытках общения. Это тихая и тёплая история о взрослении, первой любви и обретении себя в мире, где наконец-то можно быть просто человеком.